在《西游记》里，玉皇大帝和如来佛祖的关系很微妙，孙悟空大闹天宫，如来佛祖前来救驾，然后把孙悟空压在五行山下，后来又派孙悟空西天取经，最后封孙悟空为斗战胜佛，孙悟空从道教皈依了佛教。
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玉皇大帝是道教的最高规格的神，也叫“昊天金阙无上至尊自然妙有弥罗至真玉皇上帝”。玉皇大帝住在天庭，叫做上界，孙悟空和如来佛祖都住在下界，佛祖住在西方灵山，孙悟空住在东胜神洲的花果山水帘洞。从居住的地方看，玉皇大帝的地位要高于孙悟空和如来佛祖，这可能是因为二者属于不同的宗教体系的缘故。玉皇大帝是道教的神话人物，如来佛祖是佛教的创始人。在这一点上佛祖的地位是高于玉皇大帝的，因为一般认为道教教主是太上老君也就是老子。一个是创教教主，一个是宗教里的高级别的神仙，还是有差异的。但是二者又有相同之处，玉皇大帝是个凡人修炼成的神仙，关于玉皇大帝的出身，有一些传说，有的说玉皇大帝姓张名友仁，是姜太公的随从。姜子牙斩将封神，就差玉皇大帝没定了，张友仁问姜子牙谁当玉皇大帝？姜子牙说，有人当！有人当！张友仁以为是自己，于是就坐到了给玉皇大帝准备的宝座上，一束光从天而降将张友仁笼罩住，于是他就成了玉皇大帝。
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还有一种说法，说张坚自幼是个性情豪放，不守陈规的人，喜欢打猎。有一天，他捕获了一只白雀，于是就养在家里。结果玉帝托梦给他，怒斥他捕获饲养白雀这种上天的神鸟是死罪。于是就降罪张坚欲置他于死地。但是每次白却都能帮助他化险为夷，躲过灾难。玉帝十分恼火，于是就乘坐自己的专车——白龙车去拜访张坚。张坚将计就计把玉帝灌醉，然后乘着他的专车上天，到天宫张坚立即改朝换代，自己当玉帝。为了防止老玉帝上天，张坚还把北天门给堵了，这下子老玉帝没办法了，只能在下界制造灾难。张坚看着下界混乱不能不管，于是就封老玉帝为掌管百姓生死的泰山之神。当年孙悟空大闹天宫的时候，玉皇大帝的凌霄宝殿受到冲击，三十六员雷将把孙悟空困在核心，这时候如来佛祖从灵山来到了天庭，对孙悟空说了一段话，透露了玉皇大帝成仙的曲折历程。玉皇大帝能成为三界之主靠的是苦历过三千七百五劫，每劫该十二万九千六百年。如此推算玉皇大帝经历了226800000年的修炼才成为玉皇大帝。不管什么版本，玉皇大帝都是一个凡人出身，最后修炼成仙的。如来佛祖本是现在尼泊尔的一个释迦族的人，他的父亲是个国王，他本身是个王子，后来感到人世间的烦恼无法拜托，于是就出家修行，在经过六年的苦修之后，感觉到苦修不是正道，于是走出丛林，喝了牧羊女给他的乳糜，在菩提树下打坐七天七夜，最终彻悟，成了佛教的创始人。
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玉皇大帝和佛祖的修行经历比较相似，都是从一个凡夫通过不懈的努力最终修炼成功的，他们属于不同的宗教和神话体系，所以各有各的领地和信众，在民间都有着广泛的影响，后来吴承恩写作《西游记》也就涉及到了玉皇大帝和如来佛祖。其实在世人眼中的谁高谁低，对于这些超凡入圣的神佛来说是不值一提的。玉皇大帝和如来佛祖早就超脱生死，出离轮回了，不可能在乎谁高谁低，事实上也无法分辨。